In het theologisch verschil met Comrie en Holtius staat onder mee de vraag centraal:
"Wie zijn het die gerechtvaardigd worden, en hóe worden zij aangemerkt?"
Vanuit de Synopsis (Leidse professoren 1625, alle vier uitgenodigd voor de Dordtse Synode, één van de vier namelijk Rivet noodgedwongen afwezig - de gehele afvaardiging van de hugenoten kon helaas niet komen), kunnen we het volgende antwoord geven:
“Subject of Object, is de zondaar en goddeloze, Rom. 4:5, namelijk in zichzelf en naar zijn natuur, maar die uit het geloof en een gelovige is, Rom. 3:22,26; Hand. 13:39, ja veel meer de uitverkorene, en naar het voornemen Gods geroepene, Rom. 8:29,30.” (Synopsis, XXXIII.34 - Thysius was eerste opsteller van deze passage.)
Op de Synode van Dordrecht is de rechtvaardigmaking, en dus ook deze vraag niet expliciet behandeld. Toch vinden we er soms iets over. Bovengenoemde vraag werd door de afvaardiging van Hessen als volgt beantwoord:
“De rechtvaardigmaking geschiedt door het geloof in de tijd, zodat niemand gezegd wordt gerechtvaardigd te worden, dan die inderdaad in Christus gelooft en Zijn voldoening met waar geloof aanneemt. Alzo was Abraham, noch kon gezegd worden te zijn gerechtvaardigd, eer hij metterdaad zelve in Christus geloofde.” (Acta, blz. 366.)
Deze passage is zeer relevant, omdat Comrie ten aanzien van beide passages een geheel ander standpunt heeft ingenomen als het gaat om de eigenlijke rechtvaardigmaking (de dadelijke rechtvaardigmaking in de vierschaar Gods). Hij heeft namelijk de samenbestanelijkheid tussen Gods toerekenen en het toe-eigenen door het geloof losgelaten en de dadelijke toerekening geheel losgemaakt van het geloof en vóór het geloof geplaatst. De zondaar wordt volgens hem in de dadelijke rechtvaardigmaking gerechtvaardigd louter als goddeloze, zonder dat het geloof als instrument daarin een aannemende rol vervult. Zo heeft hij aangegeven dat het geloof
"alleen (!) een bewijs is en middel tot de kennis van ons voorrecht, zodat wij tevoren (!) van God gerechtvaardigd zijnde, Hij dit geloof in onze harten ontsteekt."
En ook zegt hij:
dat het geloof geenszins te pas komt als iets waarop, waardoor, waaruit of waarom God ons in Zijn Eigen vierschaar rechtvaardigt.
(Terwijl de Schrift de woorden 'door het geloof' en 'uit het geloof' wél gebruikt.)
Voor Comrie was het geloof alleen nog een instrument in de rechtvaardigmaking in de vierschaar van de consciëntie, wat voor hem slechts de bekendmaking (!) van de rechtvaardigmaking is, die op een later moment in de tijd kan plaatsvinden.
Althans zo spreekt hij in zijn latere werken, ik citeerde dit uit de Brief over de Rechtvaardigmaking, uitgave 1990, blz. 163. Hierover zouden meer citaten te geven zijn. De wijze waarop Comrie probeert te bewijzen dat hij in de lijn blijft van de Reformatie en Dordtse Synode, enzovoort, is - helaas moet ik het zeggen - ronduit niet te handhaven omdat hij zijn voorgangers niet citeert conform hun bedoeling, maar - helaas - citaten zoekt bij zijn eigen opvatting. Daarbij meent hij dat hij de Dordtse Synode aan zijn zijde kan plaatsen omdat Maccovius op de Dordtse Synode niet veroordeeld was (terwijl Maccovius' stellingen over de rechtvaardigmaking nooit op de Synode behandeld zijn). Helaas is door velen van Gods volk niet gezien dat Comrie, die in zijn eerdere geschriften nog veel rechtzinniger was, hier afweek van de oude Gereformeerde leer en zijn zij hem daarin gevolgd.
Hoewel ook sommige eerdere Gereformeerde theologen de dadelijke en de lijdelijke rechtvaardigmaking (of bekendmaking van de rechtvaardigmaking) hebben onderscheiden, verschilt Comrie van AL ZIJN GEREFORMEERDE VOORGANGERS door het geloof IEDERE PLAATS te ontzeggen (dus ook niet als aannemend middel of instrument) in de dadelijke rechtvaardigmaking in de vierschaar Gods. De GGem hebben Comrie overigens hierin niet helemaal nagevolgd, omdat zij (althans diverse theologen in de GGem) wél het geloof (maar dan alleen de habitus of hebbelijkheid) erkennen als instrument in de dadelijke rechtvaardigmaking.